時(shí)間：2022-08-24
中國(guó)臨床腫瘤學(xué)會(huì)（CSCO）腫瘤生物標(biāo)志物專家委員會(huì)發(fā)布的第1個(gè)NGS臨床應(yīng)用調(diào)研顯示，大于30%的腫瘤科醫(yī)生每月NGS檢測(cè)量超5個(gè)，而中國(guó)超90%臨床醫(yī)生需要NGS報(bào)告解讀，二代測(cè)序臨床報(bào)告解讀專家組基于此現(xiàn)象于2020年出具了《二代測(cè)序臨床報(bào)告解讀指引》。 本期泌言以真實(shí)的前列腺癌基因檢測(cè)報(bào)告為例，參考《二代測(cè)序臨床報(bào)告解讀指引》、《二代測(cè)序技術(shù)在腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)診斷中的應(yīng)用專家共識(shí)》，介紹報(bào)告組成，便于需要大家更好地了解腫瘤基因檢測(cè)報(bào)告。
前列腺癌是男性常見的惡性腫瘤，也是全球男性癌癥死亡的第六大原因。隨著前列腺癌精準(zhǔn)治療的循證醫(yī)學(xué)愈加豐富，前列腺癌基因檢測(cè)共識(shí)、CSCO前列腺癌診療指南、NCCN指南等國(guó)內(nèi)外指南共識(shí)均表明前列腺癌基因檢測(cè)應(yīng)用的價(jià)值。接下來，小U帶領(lǐng)大家快速了解一下腫瘤基因檢測(cè)報(bào)告的形式和內(nèi)容。 首先，獲得基因檢測(cè)報(bào)告的周期有多久？通常在樣本采集運(yùn)輸，等實(shí)驗(yàn)室收到樣本后7-10個(gè)工作日。在拿到一份基因檢測(cè)報(bào)告前，它會(huì)歷經(jīng)一系列的檢測(cè)流程，最終交付給患者和他的主治醫(yī)生。因?yàn)槟[瘤基因檢測(cè)報(bào)告涉及患者隱私，因此患者或患者家屬拿到的報(bào)告都是密封好的腫瘤基因檢測(cè)報(bào)告，未經(jīng)患者允許其他人不可查閱。 基于NGS技術(shù)的基因檢測(cè)流程可以分為6個(gè)環(huán)節(jié)，即樣本獲取及處理、核酸抽提、文庫(kù)構(gòu)建、 上機(jī)測(cè)序、數(shù)據(jù)分析、變異解讀及臨床檢測(cè)報(bào)告出具。 腫瘤基因檢測(cè)報(bào)告形式各檢測(cè)機(jī)構(gòu)并不統(tǒng)一，整體內(nèi)容包含：基本信息，基因檢測(cè)結(jié)果匯總、變異解析、證據(jù)等級(jí)、質(zhì)控參數(shù)、基因列表等。 基礎(chǔ)信息 首先，報(bào)告內(nèi)頁基本信息會(huì)匯總送檢患者的信息：腫瘤類型、既往診療史、期望的檢測(cè)目的、樣本類型、采樣日期、檢測(cè)內(nèi)容、報(bào)告日期等。這些信息對(duì)于報(bào)告流程、后續(xù)臨床醫(yī)生進(jìn)行基因檢測(cè)報(bào)告的解讀、后續(xù)治療方案的制訂很關(guān)鍵。 示例：溫馨提示，根據(jù)國(guó)家相關(guān)指南及共識(shí)，可用于實(shí)體腫瘤體細(xì)胞基因突變檢測(cè)的樣本類型優(yōu)先選用新鮮組織標(biāo)本，也可以選用甲醛固定-石蠟（FFPE）樣本、血漿、胸腹水等。2021CSCO前列腺癌診療指南中以制訂治療決策為目的的基因檢測(cè)，推薦內(nèi)容如下： I級(jí)推薦 II級(jí)推薦 III級(jí)推薦 患者類型 轉(zhuǎn)移性前列腺癌 基因 類型 同源重組修復(fù)相關(guān)基因 錯(cuò)配修復(fù)及其他DNA修復(fù)相關(guān)基因 其他與前列腺癌治療及預(yù)后相關(guān)基因 檢測(cè) 類型 腫瘤+胚系a 腫瘤+胚系 腫瘤 樣本 類型 腫瘤組織+血漿ctDNA樣本+胚系標(biāo)本 腫瘤組織+血漿ctDNA樣本+胚系標(biāo)本 循環(huán)腫瘤細(xì)胞(CTC)或腫瘤組織或血漿標(biāo)本 a : 腫瘤+胚系是指需要對(duì)腫瘤樣本（組織或ctDNA）進(jìn)行檢測(cè)，同時(shí)還需要對(duì)血液樣本（白細(xì)胞或正?？谇火つど掀ぃ┻M(jìn)行胚系基因變異檢測(cè)。 檢測(cè)結(jié)果總匯 依據(jù)目前前列腺癌精準(zhǔn)治療的研究進(jìn)展，基因檢測(cè)的意義體現(xiàn)在臨床用藥指導(dǎo)（包括靶向藥物、免疫藥物、化療用藥的指導(dǎo)）以及遺傳風(fēng)險(xiǎn)、預(yù)后的評(píng)估，一般會(huì)把檢測(cè)結(jié)果的匯總放在報(bào)告前面，患者及其家屬可以整體閱覽上述功能（靶向、免疫、化療、遺傳、預(yù)后）相關(guān)基因變異檢出情況，再根據(jù)證據(jù)等級(jí)“A-B-C-D”的優(yōu)先級(jí)逐一查閱。 以上圖的模擬報(bào)告為例，在靶向藥物相關(guān)基因中，檢測(cè)出BLM、BRCA2以及AR基因突變，依據(jù)證據(jù)等級(jí)，小編習(xí)慣優(yōu)先查看“A證據(jù)等級(jí)-BRCA2-PARP抑制劑敏感。”另基于同源重組修復(fù)缺陷（HRD）評(píng)分，對(duì)于PARP抑制劑推薦程度為強(qiáng)推薦。（申瑞生物-前列腺癌cfDNA樣本HRD評(píng)分系統(tǒng)的專利軟著，HRD評(píng)分使得更全面的評(píng)估PARPi獲益人群） 變異解析 根據(jù)檢測(cè)結(jié)果匯總，找到報(bào)告對(duì)應(yīng)的基因變異解析，以AR為例，從解析中可知“雄激素去勢(shì)治療（ADT）、新型內(nèi)分泌治療均是以AR通路為靶分子”，如模擬報(bào)告所示，檢出AR基因變異，其變異位點(diǎn)為c.G2226C:p.W742C，根據(jù)專業(yè)生信分析及數(shù)據(jù)庫(kù)的檢索，提示患者對(duì)新型內(nèi)分泌治療藥物阿比特龍/恩扎盧胺可能耐藥，證據(jù)等級(jí)B。報(bào)告中的變異解析目的是幫助理解檢出結(jié)果，并將檢測(cè)出的生物信息轉(zhuǎn)化為臨床信息。 注意 最終用藥指導(dǎo)請(qǐng)以主治醫(yī)生結(jié)合患者情況、治療情況、生化檢測(cè)、影像評(píng)估、病理診斷等綜合決策為主。 證據(jù)等級(jí) 注：胚系變異-來源于父母生殖細(xì)胞，可通過生殖細(xì)胞繼續(xù)遺傳給子代；腫瘤體細(xì)胞變異-機(jī)體細(xì)胞后天產(chǎn)生的基因變異（https://mp.weixin.qq.com/s/zYjnViaCr7uFEZPNLVagFA） 根據(jù)2017年AMP/ASCO/CAP聯(lián)合制定的體細(xì)胞變異解讀指南，體細(xì)胞變異在不同癌種中對(duì)應(yīng)的藥物敏感性證據(jù)分為四個(gè)等級(jí)。如圖，A等級(jí)（證據(jù)等級(jí)最高）主要基于NMPA/FDA或其他國(guó)家藥監(jiān)部門批準(zhǔn)，專業(yè)臨床指南（如CSCO指南、NCCN臨床實(shí)踐指南）推薦，其他B/C/D證據(jù)等級(jí)來源詳見解析。 表格來自于《二代測(cè)序報(bào)告解讀指引》 對(duì)檢出的胚系突變，應(yīng)參照ACMG推薦的胚系突變解讀流程進(jìn)行注釋及解讀,基于當(dāng)前證據(jù)，胚系變異的致病性分為5級(jí)：5級(jí)，致??；4級(jí)， 可能致病；3級(jí)，意義未明（VUS）；2級(jí)，可能不致??；1級(jí)，不致病。僅有4/5級(jí)胚系變異具有相應(yīng)的臨床 指導(dǎo)價(jià)值。比如談及PARP抑制劑與BRCA1/2胚系 突變的相關(guān)性，或BRCA相關(guān)卵巢癌?乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估，均默認(rèn)僅針對(duì)4/5類BRCA1/2突變。 質(zhì)控參數(shù) 每份報(bào)告都會(huì)提供本次檢測(cè)主要質(zhì)控參數(shù)，對(duì)于未達(dá)到質(zhì)控質(zhì)量的樣本會(huì)全部退樣或重新送樣，保證報(bào)告的可讀性和可信度。 以上是腫瘤基因檢測(cè)主要包括的內(nèi)容，根據(jù)不同NGS panel的可報(bào)告范圍，一份NGS陽性報(bào)告中的變異可能有多有少，對(duì)于不同情況，臨床醫(yī)生會(huì)采取不同的解讀邏輯流程，患者拿到檢測(cè)報(bào)告后要咨詢專業(yè)醫(yī)生。 本次對(duì)腫瘤基因檢測(cè)報(bào)告作了初步介紹，如發(fā)現(xiàn)編輯有誤/想了解更多關(guān)于前列腺癌或者泌尿系統(tǒng)腫瘤基因檢測(cè)報(bào)告的信息，可后臺(tái)留言。 小貼士 ●
ctDNA（circulating tumor
DNA）：循環(huán)腫瘤DNA，是外周血中攜帶一定腫瘤特征（如SNV、插入/缺失突變、重排、CNV等），來自腫瘤基因組的
DNA片段。主要來源有凋亡或壞死的腫瘤細(xì)胞、 循環(huán)腫瘤細(xì)胞（CTC）以及腫瘤細(xì)胞分泌的外泌體 ● SNV：?jiǎn)魏塑账嶙儺?，是基因組上部分區(qū)域發(fā)生的點(diǎn)突變。SNV是最常見的變異類型。 ● CNV：拷貝數(shù)變異 ●TMB（tumor mutation burden）：腫瘤突變負(fù)荷，是指腫瘤基因組編碼區(qū)每百萬堿基中的體細(xì) 胞非同義突變個(gè)數(shù)。理論上TMB越高，可能被T 淋巴細(xì)胞識(shí)別的新抗原越多，免疫檢查點(diǎn)抑制劑療效可能越好 ● MSI：微衛(wèi)星不穩(wěn)定性 ● MSI-H：高度微衛(wèi)星不穩(wěn)定性 ● 基因融合：是指兩個(gè)基因的全部或一部分的序列相互融合為一個(gè)新的基因的過程。融合基因的表達(dá)產(chǎn)物為融合蛋白。 ● ctDNA：循環(huán)腫瘤DNA，是指腫瘤細(xì)胞體細(xì)胞DNA經(jīng)脫落或者當(dāng)細(xì)胞凋亡后釋放進(jìn)入循環(huán)系統(tǒng)，是一種特征性的腫瘤生物標(biāo)記。 ● 突變豐度：是指某個(gè)基因位點(diǎn)所有的等位基因中，突變的等位基因所占的相對(duì)比例，即等于突變型/（突變型+野生型）； ● “c.”指堿基序列，“p.”指氨基酸序列； ● 縮略詞：del 表示缺失；ins 表示插入；indel 指插入缺失；dup 表示重復(fù)；fs 表示移碼；X代表終止突變； ● 錯(cuò)義突變：c.C1100A: p.T367N ，表明該基因在第1100 位堿基處由C堿基變異為A堿基，導(dǎo)致其第367位氨基酸由蘇氨酸（T）變?yōu)樘於０罚∟）； ● 移碼突變：c.2320delA: p.I774fs表示在2320位堿基A缺失后，第774位氨基酸后的編碼都發(fā)生改變 ● 無義突變：c.C112T: p.Q38X 表示在112位的堿基C變異為T后，第38位氨基酸由谷氨酰胺（Q）變成終止密碼子 ●
HRD：同源重組修復(fù)缺陷，HRD會(huì)產(chǎn)生特定的、可量化的、穩(wěn)定的基因組改變，可通過建立基于基因組特征分析的評(píng)估體系來預(yù)測(cè)腫瘤HRD狀態(tài)及其程度，已成為晚期卵巢癌患者臨床應(yīng)用PARP抑制劑的新型生物標(biāo)志物，也可能對(duì)乳腺癌、前列腺癌等腫瘤的PARP
抑制劑和鉑類藥物的臨床用藥具有指導(dǎo)價(jià)值。 參考文獻(xiàn)： 1.《二代測(cè)序臨床報(bào)告解讀指引》 2.《二代測(cè)序技術(shù)在腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)診斷中的應(yīng)用專家共識(shí)》 3.NCCN Guidelines Version 1.2022 Prostate Cancer 4.2021年前列腺癌CSCO診療指南 5.《醫(yī)學(xué)分子生物學(xué)》 說明：本期內(nèi)容如有錯(cuò)誤，請(qǐng)至公眾號(hào)平臺(tái)留言，敬請(qǐng)批評(píng)指正，屆時(shí)我們將于下期進(jìn)行更正聲明。
申瑞生物
申瑞精準(zhǔn)醫(yī)療
正則醫(yī)學(xué)
博實(shí)生物
無錫市申瑞生物制品有限公司
